Во-первых, ослабить позиции губернаторского корпуса. Напомним, что в течение 1990-х его роль постоянно увеличивалась, так что к 1999 году губернаторы могли принять самое активное участие в создании альтернативной «партии власти» – «Отечество–Вся Россия» (ОВР). На федеральном уровне эти позиции уже были серьезно ослаблены после поражения ОВР на думских выборах 1999 года и последующего изгнания губернаторов из Совета Федерации. Однако существовала и необходимость ограничить контроль региональных лидеров за положением дел в их собственных субъектах Федерации. В этом случае представительные органы, сформированные на партийной основе, выступали в качестве элемента системы сдержек и противовесов. Отметим, что переход к системе фактического назначения губернаторов, который произошел позднее, в той ситуации был пока невозможен: позиции федеральной власти еще недостаточно укрепились для того, чтобы идти на жесткое столкновение с региональными элитами. Губернаторы возражали и против введения смешанной системы, но их ресурсов уже не хватило для торпедирования этого проекта.
Во-вторых, было важно укрепить позиции создаваемой «партии власти», стимулировать вступление в нее знаковых региональных фигур, которые могли рассчитывать на политическую карьеру в рамках партии. Таким образом поощрялась лояльность регионального истеблишмента федеральному центру, поскольку именно от него в значительной степени зависит карьера активистов «партии власти».
Особенностью введения смешанной системы в регионах стал баланс между жесткими рамками, фактически навязываемыми федеральной властью, и определенной свободой маневра для региональных законодателей, которые должны были принимать собственные акты о выборах. 
С одной стороны, центр настоял на том, чтобы партийные депутаты составляли не меньше половины общего числа депутатов (или членов нижней палаты, если речь идет о двухпалатном органе власти, как в Башкирии, Свердловской области, Чечне). Таким образом, была предотвращена опасность профанации законодательства и, как следствие, его дискредитации (через избрание по спискам явного меньшинства депутатов). С другой стороны, большинство регионов ориентировались в собственном законотворчестве на тогдашний федеральный закон о выборах в Госдуму. Впрочем, были и отличия. Так, в ряде субъектов Федерации (в том числе и в Москве) количество «партийных» депутатов превышает число одномандатников. А в 13 регионах были введены не существовавшие ранее в России «открытые списки», когда избиратели, помимо голосования за конкретную партию, имеют право высказаться за наиболее понравившихся им кандидатов из партийных списков, особо отметив их фамилии в бюллетене, что повышает их шансы на избрание. Такое нововведение выглядит весьма интересным в контексте распространенной в России практики, при которой на «проходные» места в партийных списках продвигаются спонсоры партий или их доверенные лица, фамилии которых ничего не говорят избирателям.